Pink Floyd ingresó en el Rock and Roll Hall of Fame en el año 1996 en una ceremonia presentada por Billy Corgan, vocalista de los Smashing Pumpkins. Waters no acudió a la ceremonia debido a sus no superadas discrepancias con el resto de miembros. En su discurso de aceptación, Gilmour dijo: «Voy a tener que coger un par más de estos para nuestros dos compañeros de banda que comenzaron a tocar en diferentes tonos: Roger y Syd…» Aunque Mason estuvo presente durante la gala, no se unió a Gilmour, Wright y Corgan para interpretar la versión acústica de «Wish You Were Here».
Una grabación en directo de The Wall, recogida de los conciertos en Londres entre 1980 y 1981, salió al mercado en 2000 bajo el nombre de Is There Anybody Out There? The Wall Live 1980-81 y alcanzó el puesto 19º en los EE.UU. En 2001 se editó un álbum recopilatorio de las canciones más conocidas de la banda bajo el nombre de Echoes: The Best of Pink Floyd. Este recopilatorio trajo consigo controversias, puesto que algunas de las canciones más largas aparecen cortadas y sin seguir un orden cronológico, lo que las sacaba del contexto original del álbum, aunque fueron mezcladas de modo que pareciesen parte de una sola pista de más de dos horas. Canciones como «Echoes», «Shine on You Crazy Diamond», «Sheep», «Marooned» o «High Hopes» aparecen notablemente sesgadas. Este álbum trepó hasta el segundo puesto en las listas británicas.
En 2003 se publicó la versión en SACD de The Dark Side of the Moon con una nueva portada. También fue publicado en una versión en vinilo virgen con el diseño del original junto con un póster nuevo. Un año después vio la luz en Europa el libro de Nick Mason, Dentro de Pink Floyd (de título original Inside Out: A Personal History of Pink Floyd), que salió al mercado en 2005 en los EE.UU. Mason llevó a cabo apariciones promocionales en público en algunas de las ciudades más importantes de EE.UU. y Europa.
El 30 de octubre de 2003 el mánager de la banda, Steve O’Rourke, murió de un infarto de miocardio. Gilmour, Mason y Wright se reunieron en su funeral e interpretaron «Fat Old Sun» y «The Great Gig in the Sky» en la Catedral de Chichester.
Dos años después, el 2 de julio de 2005, la banda se reunió una vez más para una sola actuación en el concierto del Live 8 en Londres. Para este acontecimiento, sin embargo, Waters se unió a sus ex-compañeros después de 24 años sin tocar juntos. Pink Floyd interpretó un conjunto de cuatro canciones: «Speak to Me/Breathe», «Money», «Wish You Were Here» y «Comfortably Numb», con Gilmour y Waters compartiendo las labores vocales. Al final de la actuación todos los miembros se fundieron en un abrazo conjunto que se convirtió en una de las imágenes más famosas del concierto.
Durante la semana posterior al Live 8 surgió un repentino interés por la banda. Según la tienda online HMV, las ventas de Echoes: The Best of Pink Floyd, aumentaron un 1343%, mientras que las ventas de The Wall subieron más de un 3600% en Amazon.com. David Gilmour declaró posteriormente que pensaba destinar todos estos beneficios a organizaciones de caridad y ONG, y pidió al resto de artistas y compañías que tomaron parte en el Live 8 a hacer lo mismo. El 16 de noviembre de 2005 la banda fue admitida en el UK Music Hall of Fame por Pete Townshend, guitarrista de The Who. Gilmour y Mason atendieron a la gala, pero ni Waters (que apareció por videoconferencia) ni Wright (que estaba siendo sometido a una operación ocular) pudieron estar presentes.
Gilmour publicó su tercer álbum en solitario, titulado On an Island, el 6 de marzo de 2006, y comenzó con una gira que le llevó por Europa, Canadá y los EE.UU. En esta gira participaron Wright y Mason en varias ocasiones, e interpretó el primer sencillo de la banda, «Arnold Layne». Waters también fue invitado a acudir, pero sus compromisos (gira por Europa y los EE.UU.) lo forzaron a declinar la invitación. Sin embargo, Waters apareció en la segunda mitad de un concierto de esta gira en Cork, Irlanda, en el que se interpretó el disco The Dark Side of the Moon al completo.
En la actualidad, Waters está trabajando en un álbum en solitario, y escribiendo un musical de Broadway de The Wall con canciones extra compuestas por él mismo. Waters también se embarcó en la gira The Dark Side of The Moon Live, en la que elsetlist consta del disco The Dark Side of the Moon al completo junto con otras canciones famosas de la banda y algunas propias de su carrera en solitario.
En abril de 2010 se confirmó la realización de una nueva gira mundial The Wall Live 2010 – 2011, que recorrerá Estados y Europa en principio, con la presentación del disco The Wall en su totalidad conmemorando su trigésimo aniversario.
Pink Floyd 