La épica ópera rock The Wall vio la luz en 1979. Compuesta casi en su totalidad por Waters, trata los temas de la soledad y la falta de comunicación, expresados por medio de la metáfora de un muro, construido entre el músico y el público. Waters ideó este formato cuando escupió a un fan que no había dejado de increpar al grupo en un concierto en Montreal, Canadá. The Wall consiguió que Pink Floyd volviese a lo más alto de las listas de éxitos con el sencillo «Another Brick in the Wall, Part II» (las 340.000 copias distribuidas en el Reino Unido fueron vendidas en sólo cinco días) extrayendo también otros éxitos como «Comfortably Numb» o «Run Like Hell», que se convirtieron en clásicos de la banda y de las emisoras de radio a pesar de no ser nunca publicados como sencillos.
El álbum fue producido por Bob Ezrin, un amigo de Waters que compartió los créditos de composición en el tema «The Trial» (aunque posteriormente rompería su relación al revelar Ezrin a la prensa el espectáculo de los conciertos). Waters impuso sus dotes artísticas y su liderazgo sobre la banda, usando la precaria situación económica de la banda a su favor, lo que enseguida desembocó en numerosos conflictos entre los integrantes. La influencia de Wright fue minimizada, y fue despedido durante la grabación por Waters, aunque acabó retornando para los conciertos en directo con un salario determinado. Curiosamente, esta situación fue lo que hizo que Wright se convirtiese en el único músico que ganó algo de dinero con los conciertos de The Wall. La ópera sólo fue interpretada en unas pocas ocasiones debido a las complicaciones logísticas (puesto que en estas actuaciones se construía un muro en los descansos de cada actuación), aunque sería interpretada por Waters una vez más después de la caída del muro de Berlín.
Aunque nunca llegó al número uno en el Reino Unido (sólo alcanzó el tercer lugar), The Wall permaneció quince semanas en el número uno de las listas estadounidenses. Fue alabado por la crítica, y consiguió 23 discos de platino, vendiendo 11,5 millones de copias en los EE.UU.
Como secuela se publicó en 1982 la película Pink Floyd: The Wall, cuya banda sonora está formada por la mayoría del contenido deThe Wall. La película, escrita por Waters y dirigida por Alan Parker, tiene como actor protagonista al fundador de Boomtown Rats, Bob Geldof, quien regrabó muchas de las partes vocales originales del álbum. La animación de la misma corrió a cargo de Gerald Scarfe. La canción «When the Tigers Broke Free», que apareció por primera vez en esta película, fue publicada como un sencillo en edición limitada, aunque se popularizó cuando fue incluida en el recopilatorio Echoes: The Best of Pink Floyd y en la reedición de The Final Cut. Otra canción original de la película es «What Shall We Do Now?», que fue eliminada del álbum original debido a las limitaciones de tiempo de los discos de vinilo. Las únicas canciones de The Wall que no fueron empleadas fueron «Hey You» y «The Show Must Go On».
The Final Cut, un álbum dedicado a la memoria del padre de Waters, Eric Fletcher Waters, muerto en combate en la Segunda Guerra Mundial, salió al mercado en1983. Es el único álbum de la banda en el que no apareció Richard Wright, y el único que fue compuesto en su totalidad por uno de los integrantes de la banda, en este caso Waters (tanto fue así que le ofrecieron publicarlo como un disco en solitario, algo que fue rechazado por el resto de integrantes y por EMI). Fue también él mismo quien grabó casi todas las partes vocales, excepto una canción en la que está acompañado por Gilmour. La temática del trabajo siguió la línea de los anteriores, aunque de un modo más oscuro. En él, Waters incluyó por primera vez en las letras la participación británica en la Guerra de las Malvinas, y concluyó con una referencia a una posible guerra nuclear, en la canción «Two Suns in the Sunset». Los arreglos orquestales corrieron a cargo de Michael Kamen, quien, junto con Andy Bown, interpretó las partes del teclado debido a la ausencia de Wright.
The Final Cut fue bien recibido por la crítica, y alcanzó el primer puesto en el Reino Unido y el sexto en los EE.UU. Contiene un éxito radiofónico menor, «Not Now John», el único del trabajo en el que canta Gilmour. Esta situación provocó numerosas discusiones entre Gilmour y Waters, de tal magnitud que se rumoreó que no se vieron en el estudio durante las sesiones de grabación. Mientras que Gilmour dijo que intentó seguir haciendo buena música, Waters declaró que nadie entendía el mensaje social que contenían sus canciones. Aunque nunca hubo ninguna gira promocional de este disco, Waters ha interpretado desde entonces algunas canciones en sus conciertos en solitario.
Después de este álbum se publicó el recopilatorio Works, que incluyó por primera vez la canción inédita «Embryo», grabada en 1970. A partir de entonces, cada uno de los miembros tomó caminos distintos, embarcándose en sus propios proyectos. Gilmour publicó el álbum en solitario About Face en marzo de 1984. Un mes después, Wright se unió a Dave Harris, del grupo Fashion, para formar Zee, que editó el álbum Identity. En mayo de 1984, Waters publicó The Pros and Cons of Hitch Hiking, un álbum conceptual que había ideado durante el parón de 1978. Un año después de estos lanzamientos, Mason publicó Profiles junto con Rick Fenn, de 10cc, que contiene una colaboración de Gilmour y del teclista de UFO, Danny Peyronel.
Pink Floyd 